Her 30 yıl da bir, Amawakuni tahtına Himeou ailesinden yeni bir prenses seçilir. Seçim zamanı tekrar gelmiştir fakat geçmişin aksine, o zamana dek ailede evlilik yaşına gelmiş bir kız yoktur, elbette 15 yaşındaki Arata haricinde. Sorunsa Arata'nın bir erkek olmasıdır! Eğer gelenek bozulursa ailesi statülerini kaybedeceklerinden korktuklarından, onu kız kılığına girmeye ve prenses adayı taklidi yapmaya zorlarlar. Fakat katıldığı bir festival sırasında şu anki kraliçe olan Kokuri-hime, kendi muhafızları 12 Shinshou’nun ihanetiyle öldürülür ve bunlardan biri olan Kannagi, Arata'ya iftira ederek herkesi onun katil olduğuna inandırır. Arata hayatta kalmak için kaçar fakat imparatorluk muhafızları ve herkes onu öldürmek için peşine düşerler. Kaçtığı ormandaki bir uzay-zaman bükülmesinden geçen Arata günümüz Japonya'sını andıran bir alternatif gerçekliğe düşer. Burada kaybolan Arata'yı gören polisler onu şüpheli görerek tutuklamak isterler. Bu sırada oradan geçen Nao onu yakalanmaktan kurtarır. Zira Arata, abisi Arata Hinohara'yla hem adaştır hem de ona çok benzemektedir.