Mutou Kazuki, bir gece, tanımadığı bir kızı, tuhaf bir canavardan kurtarmak istediğinde tüm hayatını tamamen değiştirir.
Aslında bu kız; Tsumura Tokiko adında tüm homunculus'ları yok etmeye yemin etmiş bir savaşçıdır ve o gece kendisini yem olarak kullanmıştır.
Ancak bunu bilmeyen Mutou, Tokiko'yu kurtarmak isterken kendisini kurban etmiş ve ölmüştür. Mutou'nun hiç tanımadığı biri için hayatını feda etmesinden etkilenen Tokiko, Mutou'ya bir kakugane vererek ona yeni bir yaşam sunar.
Uyandığında her şeyin kötü bir kâbus olduğunu sanan Mutou'nun gerçeği öğrenmesi uzun sürmeyecektir.
Tokiko'nun tüm direnmelerine karşın Mutou artık bir Alchemy savaşçısıdır. Kakugane, insanlara, homunculuslarla dövüşme gücü veren simya kullanarak yapılmış bir araçtır. Kakugane, ayrıca insanlara iyileşme gücü de verir.