Tokyo, Babylon Projesi kapsamında yeniden yapılandırılmakta; eski yerleşim alanları yıkılarak yerlerine yeni yapılar inşa edilmekte ve en önemlisi Tokyo Körfezinde Ark isimli çelik bir ada yapılmaktadır. Bu esnada Eichi Hoba isimli bir bilgisayar programcısı Ark'ın inşa edildiği yerde intihar eder. Eichi Hoba'nın esrarengiz intiharının ardından Shinohara Industries tarafından imal edilen tüm robotlarda mekanik arızalar meydana gelmeye başlar. Robotlar kendi başlarına hareket etmekte, verilen komutları yerine getirmekte ve daha da ciddi bir sorun olarak kapatıldıktan sonra saldırıya geçmektedirler. Gittikçe yaygınlaşan hataların yalnızca iş robotlarını değil aynı zamanda askeri donanıma ve yazılıma sahip robotları da etkilemesi kamu güvenliği açısından büyük bir tehdit teşkil etmektedir. Olayı inceleme altında alan Özel Mobilize Araç Birimi arızalı tüm robotların Hyper Operating System isimli bir işletim sistemi ile yönetildiklerini keşfeder. Görünüşe göre, Tokyo Körfezi çevresindeki inşaatın neden olduğu rezonans Hyper Operating System'ı etkileyerek söz konusu anormal fonksiyonlara yol açmaktadır. Bu esnada, Tokyo'ya yaklaşmakta olan bir tufanın yaratacağı rezonans nedeniyle çevrede bulunan bütün robotların arıza yaparak saldırıya geçmesinden büyük endişe duyan Özel Mobilize Araç Birimi yaklaşan felaketi engellemek ve olayın arkasındaki sır perdesini aralamak üzere harekete geçer.