24. yüzyıla gelinirken fosil yakıt kaynakları neredeyse tamamen tükenen insanlık son kaynaklarını ekvatoral bölgelere 3 adet dev platform kurmak için kullandı. Yapımı onlarca yıl süren bu Yörünge Asansörleri güneş enerjisinden sınırsız bir güç kaynağı sağlayacaktı. Ne var ki bu gücü gören insanlık, devletlerin güttüğü güvenilmez politikalar yüzünden 3 zıt tarafta birleşti. Bunlar, ABD'nın başını çektiği The Union, Avrupa Birliği ülkelerinin oluşturduğu bir ittifak olan A.E.U. ve Çin, Rusya ve Hindistan'ın kurduğu Human Reform League'dir ve bu grupların her biri enerji kaynaklarını sahip olmak ve diğer ülkeler üstünde baskı unsuru oluşturmak gibi amaçlar için birbirlerine karşı durmak bilmeksizin saldırılar düzenlemektedir. Bu üç grubun da saldırı gücünün temelini Mobile Suit denen yeni nesil bipedal silah sistemleri oluşturmaktadır.

2307 yılında The Union, A.E.U. ve Human Reform League arasındaki çatışmalar hala tam olarak bitmiş dğeildir. Hikayemizin merkezinde, bundan 6 yıl önce bir Ortadoğu ülkesindeki hükümete karşı savaşırken esrarengiz bir silahın ilk ortaya çıkışıyla ölümden kurtulan genç direnişçi Setsuna F. Seiei bulunmaktadır.

AEU merkezi aniden göz dağı verme amaçlı bir saldırıya uğrar, aynı saatlerde H.R.L.'nin uzaydaki istasyonuna düzenlenen terörist saldırı tanımlanayan bir grup tarafından durdurulur ve bu olayların etkisi hala sürmekteyken dünyanın tüm medya gruplarına aynı anda servis edilen bir video kaydı durumu açıklar: Görüntüdeki kişi, "Celestial Being" adlı özel bir silahlı organizasyonun varlığını, "GUNDAM" adlı gelişmiş Mobile Suit'lere sahip olduklarını, çıkar gütmediklerini, fakat amaçları karşısına kim çıkarsa çıksın onları yokedene dek savaşacaklarını deklare eder ve tüm dünyayı kendi saflarına çağırır. Bu video kaydının ilk yayınlanışından 24 saat kadar sonra Hindistan'ın güneyindeki Sri Lanka'dan The Union ve Human Reform League birlikleri arasındaki çatışma her iki tarafın da Gundam'lar tarafından yokedilerek sona erdirilmesiyle Celestial Being'in nasıl bir güce sahip olduğu kanıtlanır.

Gundam'lar "GN" olarak tanımlanan bir tür partikül füzyonu gibi görülmemiş bir enerji kaynağına sahip, zamanının ötesinde savaş silahrıydılar ve ilk ortaya çıkışları dünyadaki 3 süper güç için gerçek bir şok olmuştu. "Gundam Meister", yani Celestial Being'in seçilmiş Gundam pilotlarıysa, bir Ortadoğu ülkesinden gelen Setsuna F. Seiei (GN 01: "Exia"), aşırı cesur ve lider ruhlu Lockon Stratos (GN 02: "Dynames"), başkalarına karşı soğuk ve kendine güvensiz Allelujah Haptism (GN 03: "Kyrios") ve hakkında neredeyse hiçbirşey bilinmeyen, esrarengiz Tieria Erde (GN 05: "Virtue")'dir: Tüm bu pilotlar özel olarak seçilip bulunarak bir araya getirilmiş ve Celestial Being'e alınmışlardır fakat bu pilotlar bile onları seçen kişi olan Veda'nın nihai amacından habersiz bırakılmışlardır. Veda hakkında tek bilinen, Celestial Being'in gücünün kaynağı olan Gundam'ları sağlayan ve bilgisayar üzerinden sonraki görevleri veren bir üst denetim mekanizması olmasıdır.

Setsuna'nın Gundam ile ilk karşılaşmasının üzerinden 6 yıl geçmiştir. Peki onu bu süre içinde bir Gundam pilotu olmaya hangi olaylar itmiştir? Celestial Being'in varlığının açıklandığı videoda konuşan kişinin (Aeolia Schenberg) de aslında 200 yıl önce ölmüş olduğu doğruysa Celestial Being aslında nedir, kimin kontrolünde ve ne amaçla savaşmaktadır? Ve herşeyden önemlisi, neredeyse sonsuza finansal kaynaklara sahip gizli bir topluluk olan "Surveyors" ile Celestial Being arasındaki bağlantı nedir?