Sıradan bir 3. sınıf öğrencisi olan Nanoha Takamachi ailesini ve arkadaşlarını her şeyden çok sever. Bir gün rüyasında yaralı bir dağ gelinciği gördükten sonra gerçek hayatta da aynı dağ gelinciğini görür ve kurtarır. O dağ gelinciği evrene ciddi hasar vermeden önce 21 saçılmış Jewel Seedi yakalamaya çalışan başka dünyanın büyücüsü Yuuno Scrya'dır. Yuuno, Jewel Seedleri tek başına yakalayacak kadar güçlü olmadığından Nanoha'ya akıllı cihaz "Raising Heart"ı bahşeder ve Nanoha'nın büyücü olarak eğitimi başlar. Maalesef güçlü Jewel Seedler kötü niyetli insanları kendine çeker. Başka bir büyücü Fate Testarossa bilinmeyen ve kötü bir neden için çaresizce seedleri toplar ama gözlerindeki ciddi bakıştan dolayı Nanoha, Fate'in olayının başka bir şey olduğunu düşünür. Mahou Shoujo Lyrical Nanoha: 1. Film, iki gencin hikayesini ve güçlü duygularının hareketlerine şekil verişini anlatır. Orijinal serinin yeniden ele alınmış şeklidir.