Yakın gelecekte, wired adı verilen ağ bugünkü internetten bir
adım öne geçerek insanların hayatının ayrılmaz bir parçası haline
gelmiştir. Wired erişimi NAVI adı verilen güçlü bilgisayar
sistemleri ile gerçekleştirilmektedir. Wireda bağlı insanlar,
zamanlarının büyük bir kısmını ağdaki sanal yaşantılarına
ayırmaktadırlar.

Orta okul öğrencisi Lain Iwakura, babası bilgisayar sektöründe olmasına
rağmen wireddan uzak bir yaşam sürmektedir. Günün birinde,
Lain'in sınıf arkadaşı Chisa intihar eder. Chisa'nın trajik ölümünün
ardından Lain ve tüm sınıf arkadaşları Chisa'dan garip bir elektronik
posta alırlar. Chisa metinde, yalnızca bedeninin öldüğünü, bilincinin wiredda
yaşadığını söylemektedir. Sınıf arkadaşları, olayı garip bir şaka
olarak değerlendirip hayatlarına devam ederler. Ancak, Lain'in wireda
olan ilgisi yavaş yavaş artar ve NAVIsinde daha fazla zaman
geçirmeye başlar. Lain'in gerçek hayat ile olan bağı zayıfladıkça
bilinen gerçeklikte zamansal ve mekansal kırılmalar meydana gelir.